Las principales teorías apuntan a diferentes orígenes: la que le hace corresponder con el río Oja, la que apunta al término Rivalia que se traduciría como «tierra de riachuelos», la que señala como germen una tautología nominal en el término rivo Ohia que significaría «río de lecho fluvial»; y las muy diversas que .

En el noreste del país, al pie de la Cordillera, La Rioja es una de las provincias más áridas y menos pobladas del país.

En La Rioja se conjugan las huellas de dos historias antiquísimas: la del planeta y la de la humanidad. Hace decenas de millones de años, gran parte de esta tierra coloreada estuvo cubierta por el mar. Fósiles de plantas y animales submarinos son el testimonio. También fuertes plegamientos, con placas cuyos bordes se levantaron hasta quedar casi verticales. Una muestra de ello es el Parque Provincial Talampaya, que contiene grandiosos farallones de tierra bermeja del estrato geológico de Paganzo. En esta zona existen importantes restos arqueológicos de arte primitivo realizados por los aborígenes prehistóricos, quienes comenzaron a poblar esta región hace unos 10 mil años. Entonces las lluvias eran abundantes, la fauna y la flora ricas y la vida de los cazadores y recolectores relativamente llevadera. De ello hablan los petroglifos que en la agreste rocosidad de estos lugares hoy perpetúan lo que probablemente eran importantes centros rituales.

Los diaguitas que habitaban el noroeste de Argentina, pertenecían al grupo de los cacanos, formado por los calchaquíes, diaguitas y pulares. Los primeros estaban al sur de Salta y algunas partes de Catamarca y Tucumán, los segundos sobre todo en Catamarca y La Rioja, y los pulares vivían en Salta. El nombre de diaguitas –que en quechua quiere decir “serranos”– fue impuesto por los incas, con los que estaban muy emparentados culturalmente, aunque su lengua era el cacá o canana. El cacique repartía las tierras y organizaba la construcción y el cuidado de las terrazas de cultivo en laderas de la montaña. Trabajaban la tierra en común y se guardaba parte de la cosecha en los depósitos comunales. Cultivaban zapallos, porotos, ajíes, maíz y recolectaban frutos silvestres como la algarroba.
También criaban llamas y alpacas, sobre todo en las zonas altas y frías.

Los diaguitas hicieron maravillas con la cerámica. Cada familia fabricaba sus ollas, cántaros y vasijas. Además, había artesanos especializados que realizaban verdaderas obras de arte, como las urnas funerarias, donde enterraban a sus muertos. Algunas de estas urnas eran decoradas a todo color. La metalurgia también fue sobresaliente ya que no sólo supieron utilizar los distintos metales sino que también creaban mezclas de estos. El cobre y el bronce fueron los más utilizados pero también usaron el oro y la plata.

Vivían en aldeas, a lo largo de los valles y quebradas de la región, formando parcialidades con nombres particulares. Levantaban sus caseríos en sitios poco accesibles de los valles. La forma de las viviendas era rectangular y los muros se construían sin mortero.

Eran de regular estatura. Hombres y mujeres usaban como vestimenta una especie de camisa larga con o sin mangas. Calzaban ojotas y hacían uso de la vincha con la que sujetaban sobre la frente plumas de aves. Sus adornos personales consistían en plumas, pulseras, pectorales de plata y en ocasiones día demás de plata y oro. Usaban el cabello largo que trenzaban y recogían en forma de moños o rodetes.
Sus armas de guerra fueron el arco y la flecha.

Cerca del 1000 DC., las sociedades del noroeste se caracterizan por un fuerte crecimiento demográfico y por la aparición de sociedades pujantes que poseían territorios bien controlados y defendidos. Cuando los españoles ingresaron al territorio de la actual Argentina entraron en contacto con grupos aborígenes que tenían diversos grados de desarrollo, entre ellos en la zona noroeste con los diaguitas.

Luego de la llegada de los españoles a América en 1492, se inició la conquista y colonización de estos territorios. Su objetivo primordial era obtener metales preciosos y expandir la fe católica.

A pesar de ser inferiores en número, los españoles alcanzaron un éxito rotundo gracias a sus armas de fuego, los caballos y armaduras. Otros factores que contribuyeron a la victoria española fueron la sorpresa que provocaron entre los indígenas que los tomaron por dioses.

El 20 de mayo de 1591, Juan Ramirez de Velazco, con la finalidad de establecer un asiento estratégico para combatir a los indígenas, funda Todos los Santos de la Nueva Rioja (actual La Rioja). Este nombre fue puesto en homenaje a la antigua comarca española del mismo nombre.
Cuando el fundador trazó la cuadrícula de la ciudad, reservó algunos espacios para las órdenes religiosas: franciscanos, mercedarios, dominicos y jesuitas, y destinó un solar frente a la plaza mayor para la Iglesia Matriz dedicada a San Pedro Mártir.

Dada su proximidad a los yacimientos mineros de Famatina, la ciudad se convirtió, durante la época de la Colonia, en una de las más importantes para el movimiento socioeconómico. La abundante población indígena existente en la zona fue repartida por el fundador en encomiendas. Fueron cerca de 11.000 los indígenas distribuidos en distintas regiones del país.

Con la voz quechua Tinkunaco, (que significa encuentro, fusión o mezcla) los riojanos reviven anualmente, los acontecimientos sucedidos en la Pascua de 1593, cuando los diaguitas no soportaron más el mal trato de los españoles y resolvieron atacar la ciudad. Las armas apostadas en el fuerte de Las Padercitas fueron insuficientes para resistir el ataque de alrededor de 9.000 indios conducidos por 45 caciques de otros tantos poblados. Ante esta situación los españoles recurrieron a los oficios de San Francisco Solano, quién logró restablecer la paz.

Entre 1632 y 1636 el gran alzamiento del cacique Chelemín contra los conquistadores malogró el inicipiente desarrollo de la provincia. Los españoles perdieron la mayoría de su ganado y a los indios
encomendados, base de su economía.

La fundación de Catamarca facilitó a los riojanos la comunicación con Tucumán, pero la escasez de agua limitó la expansión de sus algodonales y viñedos.

En la segunda mitad del siglo XVIII tomó importancia Chilecito, comunidad organizada alrededor de la Hacienda Santa Rita y que un siglo más tarde superaría a la propia capital en población.

El mayor crecimiento poblacional de la provincia tuvo lugar durante el siglo XIX.